Den nye Landbrugs- og Fiskeristyrelse skal bl.a. varetage sekretariatsbetjeningen af Grønt Udviklings- og Demonstrationsprogram (GUDP) og Fonden for Plantebaserede Fødevarer (Plantefonden), herunder betjening af bestyrelserne for disse tilskudsprogrammer og løbende tilskudshåndtering af støttede projekter.
Styrelsen skal endvidere varetage alle myndighedsopgaver indenfor plantesundhed. Det omfatter import og eksport samt overvågning af karantæneskadegørere, handelsnormer for frisk frugt og grønt, handel med og produktion af frø og sædekorn samt skovfrø og -planter, herunder samarbejde og tilsyn med TystofteFonden.
Det gælder ligeledes IP-beskyttelse af nye sorter og reguleringen af udsætning af genmodificerede organismer (GMO), opgaver omkring plante- og husdyrsgenetiske ressourcer samt enkelte tilskudsordninger.
Dertil kommer tilsyns- og regelarbejde vedrørende landbrugets promille- og afgiftsfonde.